Die Wirkungsgrade von Biomassefeuerungen wurden von rund 55% in den Achtzigerjahren auf über 90% verbessert.

Diese hohen Wirkungsgrade wurden jedoch nur am Prüfstand gemessen. Das Gesamtsystem im Praxisbetrieb hat lediglich eine Effizienz (man spricht hier vom Nutzungsgrad) von max. 80%. Das heißt, von der eingebrachten Brennstoffenergie gehen mehr als 20% verloren, bis letztlich die Wärme im Wohnraum ankommt.

Anlagen mit einer hohen Effizienz sparen Brennstoff und Hilfsenergie (Strom für Antriebe, Pumpen und automatische Zündung) und sind somit auch kosteneffizient. Folgendes sollte befolgt werden, damit Biomasseheizsysteme kosten- und energieeffizient eingesetzt werden können:

• Vermeidung der Überdimensionierung der Kessel. Die Überdimensionierung ist einer der gängigsten „Fehler“ überhaupt. Dadurch befindet sich ein Kessel vorwiegend in Teillastbetrieb (optimiert ist er in der Regel für die Volllast) und gegebenenfalls im häufigen Start- und Stoppbetrieb. Jeder Stopp einer Biomasseanlage verursacht gewisse Wärmeverluste, ein jeder Start braucht Hilfsenergie für die automatische Zündung.
• Einstellung und Anpassung der Regelung an das Gesamtsystem. Dadurch können unnötige Starts und Stopps vermieden werden.
• Regelmäßige Wartung und Reinigung des Systems. Speziell durch Ablagerungen im Wärmetauscher verschlechtert sich der Wärmedurchgang an das Heizungswasser. Der Wirkungsgrad sinkt dann entsprechend.
• Für das Wärmeverteilsystem ist ein sogenannter „hydraulischer Abgleich“ vorzunehmen. Dabei wird beispielsweise mittels Strangregulierventilen sichergestellt, dass die Wärmeverteilung zu allen Heizkörpern und Heizkreisen gleichmäßig ist. Diese Maßnahme ist nicht biomassespezifisch, sondern auch bei Öl- und Gasheizsystemen nötig. Dadurch kann das Überdimensionieren von Umwälzpumpen vermieden werden, was wiederum Strom für die Antriebsenergie einspart.
• Im Bereich des Heizraumes und Kellers fehlen oft die Isolierungen an Rohrleitungen, Armaturen und Pumpen. Auch Pufferspeicher sind an der Unterseite oftmals nicht isoliert. Das führt zu Wärmeverlusten.

Was die CO-Emissionen betrifft, so waren in den Achtzigerjahren Werte von über 15 g pro Normkubikmeter üblich, während sich die Emissionen moderner Feuerungen nun im Milligrammbereich bewegen, also nur mehr Tausendstel der früheren Werte betragen.